So fielen in der Nacht vom 16 zum 17. Dezember 1940 Bomben über Basel und Binningen anstatt auf Mannheim. Auch am 4. März 1945, kurz vor Kriegsende, wurde die Stadt am Rheinknie irrtümlicherweise bombardiert. Getroffen wurden unter anderem der Bahnhof SBB („Güterbahnhof“) und das Gundeldingen-Quartier daneben. An diesem Tag allein wurden 50 Sprengbomben und über 2000 Stabbrandbomben gezählt.
100 Menschen wurden an diesem Tag in Basel verletzt, Tote gab es glücklicherweise keine.
In Zürich war das leider nicht der Fall: Fünf Tote und 15 Verletzte hatte die Stadt bei einem ähnlichen Unfall, ebenfalls an jenem 4. März zu beklagen.
Auch in Schaffhausen fielen Bomben, und zwar am 1. April 1944, an dem US-amerikanische Kampfflugzeuge das deutsche Ludwigshafen attackieren sollten. Der Ausfall der Radartechnologie forderte hier bis zu 60 Tote, 500 Obdach- und etwa 1000 Arbeitslose (da Fabriken zerstört wurden).
Da die Schaffhauser es gewohnt waren, Kampfflugzeuge über ihren Wohnort fliegen zu sehen, retteten sich viele gar nicht erst in die Luftschutzkeller, sondern zählten am Himmel die Flieger ab, die den Deutschen Unheil bringen sollten.
In Folge dieser Unfälle malte die Bevölkerung Schweizerkreuze auf die Dächer. Doch auch das half nicht immer. So berichtete ein amerikanischer Kommandant, er habe rote Quadrate mit weissen Kreuzen auf den Dächern der deutschen Stadt Ebingen bemerkt. „What are they?“, fragte er, nachdem er „Ebingen“ – in Wahrheit Stein am Rhein – bombardiert hatte.
Insgesamt wurde die Schweiz rund 70 Mal von solchen Verwechslungen heimgesucht. Die Bomben vielen über Zürich, Basel, Schaffhausen, Stein am Rhein und weiteren kleineren Ortschaften.
Die USA entschuldigten sich und zahlten der Schweiz Wiedergutmachungen für die Fehler.